磷酸铁锂电池目前存在的一些不足。主要分为振实密度低、存在一致性问题和较高的制作成本三方面。
▶振实密度低
对于锂离子电池来说，振实密度的大小能够决定在相同容量下电池的体积大小，而较低的振实密度是目前磷酸铁锂电池需要亟待解决的一个缺点。相比钴酸锂和锰酸锂来说，相同容量的磷酸铁锂电池体积则要更大，这也就是为什么磷酸铁锂电池没有在手机电池等领域兴起的一个原因。不过对于移动电源领域来说，相同6000mAh的不同电池在尺寸上的差距并不明显，属于用户可接受范围之内。
▶一致性问题
虽然磷酸铁锂电池相比钴酸锂和锰酸锂电池来说，在寿命上有着绝对的领先优势。不过在电池组模式下时，其寿命会大幅降低。因为电池组是由大量单体电池通过串并的方式连接到一起的，如果整个电池组中有一个电池出现故障，那么更换则非常麻烦，这也就是为什么目前电动汽车内电池组标称的循环寿命同样为500次的原因。
▶较高的制作成本
由于磷酸铁锂正极中的材料物理性能和其他锂电池材料相差较大，粒度小，振实密度小等因素的影响，所以在制作工艺上的工艺要求较高，加上其标称电压为3.2V，低于普通3.7V的锂电池电压，所以在制造整个电池组成本和相关制造设备和工艺上的要求要高于其他锂电池。
除了以上介绍磷酸铁锂电池的三大弊端之后，还有一个潜在的问题在阻碍磷酸铁锂电池的发展，就是正极材料的专利纷争问题。让目前磷酸铁锂的整体成本要高于早已普及的钴酸锂和锰酸锂电池。不过值得欣慰的是，近期其专利问题已经得到缓解。
